http://blogs.msdn.com/b/jpsql/archive/2013/02/05/do-s-amp-dont-s-8-rebuild-shrink.aspx
あ、これやったことある。
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インデックスを再構築すると、インデックスは再作成され、各インデックスページは FILLFACTOR の設定に従ってデータで埋められます。また、データは、可能な限り物理的な順番に並ぶように配置されます。その結果、ページ密度が高くなり、論理断片化が解消します。
データベースやデータベースファイルの圧縮 (DBCC SHRINKDATABASE や SHRINKFILE) を実行すると、ファイルの後ろの方にあるデータは前方に移動され、ファイルの後方に空き領域が作り出され、その作り出されたファイル後方の空き領域部分を切り捨てることで、データベースファイルサイズが小さくなります。
インデックスを再構築した後にデータベースやデータベースファイルの圧縮を行うと、せっかく物理的に並んだデータが再び移動させられ、物理的に並んだ状態ではなくなってしまいます。つまり、インデックスの再構築により断片化の解消されたインデックスが、データベースの圧縮処理により再び断片化します。
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以後気をつけねば。